Izborom u znanstveno-nastavno zvanje docent na predmetu Povrćarstvo na Agronomskom fakultetu u Mostaru 1997. godine Zdravko Matotan je redovito održavao nastavu i do izbora mlađeg asistenta 2001. godine i vježbe iz predmeta Povrćarstvo prema vlastito napravljenom i prihvačenom programu.

Za potrebe studenata napisao je internu skriptu s izvadcima iz predavanja i vježbi. U predavanjima koristi veliki broj vlastitog fotomaterijala sakupljenog višegodišnjim radom na programu razvoja povrćarske proizvodnje kao i tijekom stručnog usvršavanja u inozemstvu, a u svrhu što boljeg približavanja nastavnog programa studentima.

Pod njegovim vodstvom napravljeno je i obranjeno više diplomskih radova s područja povrćarstva.

Osim na Agronomskom fakultetu u Mostaru, kao vanjski suradnik predmet Povrćarstvo predavao je u 2000. i 2001. godini studentima Poljoprivrednog fakulteta u Osijeku, a od 1999. - 2001. i studentima Visokog gospodarskog učilišta u Križevcima. Predmet Tehnologija proizvodnje sjemena povrtnih kultura predaje studentima poslijediploskog studija iz Sjemenarstva na Poljoprivrednom fakultetu u Osijeku.